R Markdownをいろんなフォーマットのドキュメントへ

楽をしたいという俺のモチベーション

最近
RStudio(Windows)でSweave(.Rnw)を使って一発でpdf作りたい - My Life as a Mock Quant
なんてのを書いてますが、やはりTeXはしんどいぞと。俺のようなものには使いこなす事ができないぞという事で、

[(R) Mark down]⇒(Word, TeX(PDF))

なもっと楽できる道を探していきたい。そういうポストの建設予定地で随時更新。あと、俺の手元のWordは2007でやってるんで、そこんとこよろしく。

この辺の試行錯誤をまとめたもの

〜knitr+pandocではじめる〜『R MarkdownでReproducible Research』 from tera monagi

下記内容と重複多数ですが、ご参考。

用意

とりあえずRのコンソールで

install.packages("knitr")
library(knitr)

しとけ。あと、pandocいれとけ。

Pandoc - About pandoc

俺が辿るべき道は死の香り

そもそも最終的な出力としてMS Word/PDFを考えた場合、pandoc使うとなると、pandoc二回食わせるのはなしとしても

[R Markdown] -> (knitrパッケージ経由) -> [Markdown] (markdownパッケージ経由)-> [HTML] -> (pandoc経由) -> [MS Word/PDF]
[R Markdown] -> (knitrパッケージ経由) -> [Markdown] (markdownパッケージ経由)-> [HTML] -> (pandoc経由) -> [TeX] -> (TeX コンパイラ/TeX⇔MS Word変換ソフト) -> [MS Word/PDF]
[R Markdown] -> (knitrパッケージ経由) -> [Markdown] -> (pandoc経由) -> [TeX] -> (TeX コンパイラ/TeX⇔MS Word変換ソフト) -> [MS Word/PDF]
[R Markdown] -> (knitrパッケージ経由) -> [Markdown] -> (pandoc経由) -> [MS Word/PDF]

の組み合わせ考えなきゃならんの？死ぬの？どれが一番いいだろうかという問題もあって悩ましい。

(Rのインストール先)\library\knitr\examples

にある例を見るのが一番いい気がしてきた。…が、

r - knitr html to Word docx using pandoc - Stack Overflow

を読むと「ダイレクトにMarkdownから他のフォーマットにしとけや！」ってことなので、HTMLを経由させず、

[R Markdown] -> (knitrパッケージ経由) -> [Markdown] -> (pandoc経由) -> [MS Word/PDF(TeX経由)]

を推していきたい。

PDF作りたい

一件、knitrパッケージに入っているknit2pdf関数ででいいように思うが、これはSweave(拡張子.Rnw)用の関数っぽいし、
しかも"texi2dvi.exe"なるものを中で叩いていて、このexeは何じゃい？と思って調べたら、MiKTeXなるものに含まれるexeらしい。
んで、

MiKTeX - TeX Wiki

によると、こいつは日本語には非対応ということなので、これはもう諦めるかコンパイル方法を上手く変えないとだめだろうなって思って諦めた。
最終的には以下のアドバイスもらったんで、これでいいや。最悪WordをPDFに変換する方向で。

@teramonagipandoc -o test.pdf --latex-engine=xelatex test.mdでいけます。テンプレートにURLでいけるかと。フォントはURL

2014-02-22 17:59:48 via Twitter for Windows to @teramonagi

画像にcaptionを入れたい

Captionは、knitrのchunkの"fig.caption"に適当な文字列として指定する。
PDF/Wordを作りたい場合、markdownToHTMLのオプションとしてbase64_imagesをはずさないとHTML内に画像が埋め込まれちゃうんで注意。
通常の画像はMarkdown記法の画像の代わりに出てくる代替文字列がキャプションになる。その際に、Markdownの上下一行ずつ開けておかないとなぜかキャプションが消される。