knitrBootstrapパッケージを使ってデコったhtmlファイルをRPubsにアップしたい

Rcppパッケージ周りの使い方をすぐ忘れるのでいい加減まとめようと思っていろいろ書いていたファイル(Rmd)をRpubsにアップしようとしたら結構嵌ったんでメモ。アップした結果は以下

以下の人たちがなぜ嵌ってないのかは、パッケージ & R Studio自体のバージョンあたりが関係してそう。

R markdownのソース

にある。これはこれで随時更新予定。

knitrBootstrap使ったR markdownをアップしたい

knitrBootstrapを使うとR Studioからダイレクトにpublishできなくなる*1ので、こりゃ困ったぞと。で、色々調べた結果、以下のように書くとアップできた。ミソはmarkdownのrpubsUpload関数を使いなさいということだ。

> library(markdown)
> options(rpubs.upload.method = "internal")
> options(RCurlOptions = list(verbose = FALSE, capath = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", package = "RCurl"), ssl.verifypeer = FALSE))
> res <- rpubsUpload("Rcpp memo", "RcppMemo.html")
> res
$id
[1] "https://api.rpubs.com/api/v1/document/39322/fcaa2601e38d484fab0dd5f9126a2143"

$continueUrl
[1] "http://rpubs.com/publish/claim/39322/80f20f3ae2de4f95be2bb6aaac3899f4"
> browseURL(res$continueUrl)

その他のハマった点として

  • rpubsUpload関数はアップ対象のHTMLファイルがあるディレクトリじゃないとだめっぽい*2

があった。

*1:GUIから自動で各種ボタンが消える

*2:errorという1つの空要素だけからなるリストが返ってきた