R markdown(knitr)パッケージのchunk optionまとめ

R markdownファイル（Rmd）にRのコード片(以下、chunk)を埋め込む際のオプションがたくさんあって覚えきれないから、よく使いそうなものだけでもまとめておきたい。ここで言うchunkってのはR markdownファイル中に記述することが出来る

```{r eval=FALSE, error=FALSE}
opts_chunk$set(prompt=TRUE, message=FALSE)
summary(cars)
```

というようなRのコード片の事で、そのオプションってのはこの例だと"eval"や"error"に該当。

opts_chunk$set(prompt=TRUE, message=FALSE)

と書いた内容（prompt=TRUE, message=FALSE）に関してはグローバルな設定となるので、他のchunkには書かなくてもここで設定したものが適用される。

要するにOptions - Chunk options and package options - Yihui Xie | 谢益辉の俺用まとめです。また別途、簡易リファレンスカード(英語・PDF)もあったので、これ読んでおけば大体いいかも。RPubsにも例が上がっていて、これを見るのも参考になる。

オプション	デフォルト値	型	意味
eval	TRUE	logical	chunkを実際にRのコードとして評価するか否か
echo	TRUE	logical/numeric	chunkを出力として表示するか否か。echo=2:3等ともかけてこの場合2・3番目のコードのみ出力。逆にecho=-4だと4番目のコード以外出力*1
warning	TRUE	logical	chunkに対する警告を表示させるか否か
error	TRUE	logical	chunkに対するエラーを表示させるか否か
prompt	FALSE	logical	プロンプトの文字(例：>)を実行したコードの結果として追加するか否か
comment	'##'	character	計算結果の頭につく文字
include	TRUE	logical	chunk・実行結果を出力(通常、RStudio使ってるならHTML）に入れるか否か。これをFALSEにしてもRのコードは実行される点に注意。
message	TRUE	logical	message関数の結果を表示させるか否か(パッケージ読み込む時に表示されるメッセージ等の事)
highlight	TRUE	logical	コードをシンタックスハイライトするか否か
tidy	TRUE	logical		出力されるchunkをformatRパッケージのtidy.source()関数で整形するか否か
fig.width/height	7	numeric	図のプロットのサイズ、"出力"画像のサイズであり、貼り付けのサイズではない点に注意（単位：インチ）
results	'markup'	character	結果の出力を(markup/asis/hide)の三択の文字列から選択。markup・asisはmark upした結果(markup)か生のRの結果か(asis)が違う。xtableなんかでテーブルをHTML出力してるのなら生のままにしなければならないのでasisを選択するってかんじで使う。hideは結果を表示しない
cache	FALSE	logical	出力される計算結果をキャッシュするか否か
out.width/height	-	character	実際の図のプロットのサイズ、出力のタイプに応じてpixel, ％とかいろいろとれる
out.extra	-	character	各出力タイプ固有の追加オプションを書く(例：'style="display::none"', 'angle=90')
fig.cap		-	character	図のキャプション(例：fig.cap="図:Aの散布図")

（俺が使うものを上に配置し、大体降順に整理）

*1:chunkオプション全てに言えることだが、Rの関数や評価結果の値を代入することが可能