パッケージが既にインストール済みか判定し、未インストールの場合実際にインストールする

ちょいと違いますが、以下で定義しているinstall.package.ifnot.exist関数をコンソールから叩く用の
スクリプト(R CMD BATCHかRscript)を咬ませて使えばいいかな?

install.package.ifnot.exist <- function(name)
{
  is.exist <- name %in% rownames(installed.packages())
  if(!is.exist){install.packages(name)}
}

たとえば手元にggplot2パッケージはインストールしてあるが、miceパッケージはないという場合だと

> install.package.ifnot.exist("ggplot2")
> install.package.ifnot.exist("mice")
trying URL 'http://cran.ism.ac.jp/bin/windows/contrib/3.0/mice_2.18.zip'
Content type 'application/zip' length 733261 bytes (716 Kb)
opened URL
downloaded 716 Kb

package ‘mice’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
	C:\Users\teramonagi\AppData\Local\Temp\Rtmpq6K8uu\downloaded_packages

となって、ちゃんとmiceパッケージのみがインストールされる。